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| GIACHETTO, P. F.. |
| Como ferramenta de análise da expressão gênica, a tecnologia dos microarranjos de DNA permite a investigação de milhares de transcritos de um tecido, de maneira simultânea. Essa metodologia tem revolucionado diversas áreas do conhecimento, por meio do aumento substancial da capacidade analítica dos processos moleculares. Hoje, dentro da ciência animal, a disponibilidade desse método de investigação tem permitido aos pesquisadores identificar variações na expressão de determinados genes que possam ocorrer como respostas biológicas devido à condição experimental (idade, raça, estado fisiológico). Sob um aspecto prático, essa tecnologia tem seu papel na identificação de genes envolvidos na determinação de características fenotípicas de interesse econômico, os... |
| Tipo: Documentos (INFOTECA-E) |
Palavras-chave: Tecnologia de microarranjos de DNA; Expressão gênica.; Bovinocultura.; Microarray technology; Gene expression; Cattle. |
| Ano: 2010 |
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/885253 |
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| HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F.. |
| O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R. |
| Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) |
Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de componentes principais - PCA.; Análise Estatística.. |
| Ano: 2010 |
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/885652 |
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| HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F.. |
| O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R. |
| Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) |
Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de componentes principais - PCA.; Análise Estatística.; Gene expression; Algorithms; Statistical analysis; Principal component analysis. |
| Ano: 2010 |
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/883623 |
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| SIQUEIRA, F.; GIACHETTO, P. F.. |
| Variações no número de cópias de regiões específicas do DNA, ou simplesmente CNVs (Copy Number Variations), constituem um tipo de marcador molecular que é encontrado com frequência nos genomas de mamíferos e plantas. Em humanos, o impacto das CNVs sobre os fenótipos já foi relatado em características adaptativas, mortalidade embrionária e em algumas doenças complexas como autismo, esquizofrenia, doença de Chron, artrite reumatoide, diabetes tipo I e obesidade. Comparada aos SNPs (Single Nucleotide Polymorphism), as CNVs envolvem um número maior de sequências genômicas, apresentando, potencialmente, um impacto mais pronunciado na expressão gênica, em função de alterações na estrutura e na dosagem gênica. Assim, acredita-se que esse marcador também exerça um... |
| Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) |
Palavras-chave: Bovino; DNA; Fenótipo; Gene; Genética Animal; Marcador Molecular; Variação Genética; Melhoramento Genético Animal. |
| Ano: 2019 |
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1118279 |
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| SOUZA, M. I. F.; VISOLI, M. C.; TORRES, T. Z.; FALCAO, P. R. K.; NHANI JUNIOR, A.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, F. R. da; CINTRA, L. C.; OSAWA, C. C.; SILVA, A. R. da; BARBOSA, L. A. F.. |
| Esta publicação traz uma contribuição efetiva para comunidade de dados ômicos da Embrapa ao apresentar modelos de planos de gestão de dados acionáveis por máquina, alinhados aos princípios FAIR, desenvolvidos pelo Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa. |
| Tipo: Livros |
Palavras-chave: Gestão de dados de pesquisa; Dados FAIR; Bioinformática; Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa; Plano de gestão de dados; Plano de gestão de dados acionável por máquina; PGDam. |
| Ano: 2022 |
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1149101 |
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| SOUZA, M. I. F.; GIACHETTO, P. F.; OSAWA, C. C.; VISOLI, M. C.; FALCAO, P. R. K.; TORRES, T. Z.; SILVA, A. R. da. |
| Este trabalho de compilação de termos é fruto de esforços conjuntos realizados no escopo da Ação Gerencial Local (AGL), intitulada "Implantar a gestão de dados de pesquisa na Embrapa Agricultura Digital", alinhada ao Programa de Governança de Dados de Pesquisa. Desses esforços participaram os membros da equipe do Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa (LMB) e do Grupo de Pesquisa em Computação Científica, Engenharia da Informação e Automação (GCIA), da Embrapa Agricultura Digital. Trata-se de um documento de natureza terminológica indispensável à ampliação e à popularização do vocabulário técnico associado à Biologia, Bioquímica, Biologia Molecular e Bioinformática, especialmente voltado para catalogação de datasets ômicos no Repositório de... |
| Tipo: Livros |
Palavras-chave: Representação descritiva; Representação temática; Catalogação; Datasets ômicos; Termos técnicos; Biologia. |
| Ano: 2021 |
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1138350 |
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| SOUZA, M. I. F.; VISOLI, M. C.; OSAWA, C. C.; GIACHETTO, P. F.; FALCAO, P. R. K.; TORRES, T. Z.; SILVA, A. R. da. |
| Este trabalho de compilação de termos é fruto de esforços conjuntos realizados no escopo da Ação Gerencial Local (AGL), intitulada "Implantar a gestão de dados de pesquisa na Embrapa Informática Agropecuária", alinhada ao Programa de Governança de Dados de Pesquisa. Desses esforços participaram ativamente membros da equipe do Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa (LMB) e do Grupo de Pesquisa em Computação Científica, Engenharia da Informação e Automação (GCIA), da Embrapa Agricultura Digital. Trata-se de um documento de natureza terminológica indispensável à ampliação e à popularização do vocabulário técnico associado à Biblioteconomia aplicada a dados, em especial, na catalogação de datasets ômicos no Repositório de Dados de Pesquisa da... |
| Tipo: Livros |
Palavras-chave: Representação descritiva; Representação temática; Catalogação; Datasets; Catalogação de datasets ômicos; Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa. |
| Ano: 2021 |
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1138340 |
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